Une charte de 892 nomme Marcileum pour la première fois, puis en 1157, Marcilliaci, Marcillé en 1247.
Le territoire est morcelé en de nombreuses seigneuries dont celles de Marsilly et Nantilly, mais aussi celles de Coulonges-Maillezais, la Cave, Coup de Vague, des Mouées, la Richardière, la Gravelle (à Nantilly). Marsilly possédait un port que le roi Charles VII concéda à ses habitants en 1435, situé à Gauda vaccae (Queue de vache, aujourd’hui, Coup de vague).
En 1464, ce domaine est érigé en fief par Louis XI en faveur du corsaire Jean Chaperon, capitaine gouverneur de Civray (85). Il vend la seigneurie en 1508 pour armer trois vaisseaux afin de pratiquer la guerre de course. En 1563, les premiers protestants s’installent à Marsilly.
Il s’ensuivit des troubles et exactions. Ils construisent un temple, probablement rue du port, dont on a conservé la porte, datée de 1566, qui se trouve maintenant au temple protestant de La Rochelle.